科研产出
云南蔗区甘蔗线条花叶病毒分离物NIa基因形成新簇
《微生物学报 》 2016 北大核心
摘要：【目的】利用NIa基因,阐明甘蔗线条花叶病毒(Sugarcane streak mosaic virus,SCSMV)的种系发生关系,为预测SCSMV流行变异趋势及科学防控提供理论依据。【方法】从云南蔗区和国家甘蔗种质资源圃采集感病样品,RT-PCR扩增获得SCSMV NIa基因序列后,使用Splits Tree、RDP、Phy ML、Dna SP等软件分析SCSMV中国分离物的系统发生、选择压力及基因流动等特征。【结果】共获得23条SCSMV NIa基因序列。这些序列间未发生重组,云南蔗区的部分序列形成1个新簇,且云南蔗区与国家甘蔗种质资源圃之间的基因交流不显著。此外,选择压力分析表明,NIa基因受很强的负选择压力作用。【结论】与P1、HC-Pro和CP等基因类似,SCSMV在NIa基因上也包含5个簇;SCSMV云南分离物具有较高的遗传多样性和清晰的地理相关性。
蓟马科部分种类mtDNA-COⅠ序列变异及系统发育分析
《应用昆虫学报 》 2014 北大核心 CSCD
摘要：【目的】蓟马科是一类重要的经济昆虫,目前一些种类的传统形态系统分类还存在争议,本研究采用分子标记对蓟马科的系统发育进行探讨。【方法】对蓟马科9属27种蓟马的mtDNA-COⅠ基因的变异进行分析,采用邻接法、最大似然法和贝叶斯法构建系统发育树。【结果】研究表明在比对的432 bp的序列中,有207个保守位点,222个变异位点,3个缺失位点,序列A+T含量为68.3%,具有A、T偏倚性;蓟马种间的序列分歧度变化在15.6~40.0之间。【结论】系统进化树支持针蓟马亚科为蓟马科最为原始的类群;棍蓟马亚科与绢蓟马亚科、蓟马亚科形成姐妹群;绢蓟马亚科与蓟马亚科有较近的亲缘关系,支持Mound四亚科的分类系统。
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不同物种Mlo基因生物信息学分析
《西南农业学报 》 2012 北大核心 CSCD
摘要：应用比较基因组学和生物信息学方法,比较了从藻类到高等植物Mlo基因的CDS序列,并对该基因的遗传多样性、氨基酸功能结构及分子系统发育进行分析。结果表明,85条基因序列共检测到57个多态位点,生成70个单倍型。物种间及物种内Mlo基因存在丰富的遗传多态性;氨基酸结构域分析发现,20个物种含有一段特定的Mlo结构域,其中低等植物的跨膜螺旋区域(1～5)明显比高等植物的跨膜螺旋区域(6～8)少;分子系统进化树结果显示,不同物种的聚类情况与植物学分类系统基本一致。本研究为进一步探索Mlo基因的生物学功能和确定该基因作为分子标记提供了基础依据。
关键词： 白粉病 Mlo基因 多态性 生物信息学 分子系统发育
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云南商品牛肝菌中易混淆毒牛肝系统学研究
《中国食用菌 》 2011 北大核心
摘要：基于ITS序列的分子系统学与形态分类学方法,对云南商品牛肝菌进行分子系统学研究。研究结果显示,易混淆毒牛肝菌不是一个自然类群,它们镶嵌在牛肝菌目的各分支中;牛肝菌属不是单系群;绿盖裘氏牛肝菌Chiua virens(W.F.Chiu)Y.C.Li&Z.L.Yang、圆花孢牛肝菌Heimioporus retisporus(Pat.&C.F.Baker)E.Horak、黄粉末牛肝菌Pulver-oboletus ravenelii(Berk.&M.A.Curtis)Murrill、紫盖牛肝菌Tylopilus eximius(Peck)Singer和小孢粉孢牛肝菌Tylopilusmicrosporus S.Z.Fu,Q.B.Wang&Y.J.Yao是云南商品牛肝菌中易混淆的5种毒牛肝菌。
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家蚕B型清道夫受体基因的鉴定及系统发生与表达分析
《蚕业科学 》 2010 北大核心 CSCD
摘要：B型清道夫受体(SR-B)是清道夫受体超基因家族成员,参与机体的脂类代谢、动脉粥样硬化形成或保护、宿主免疫损害防御、凋亡细胞清除和细胞粘附等重要生命过程。基于家蚕全基因组数据,利用比较基因组学方法,鉴定获得了14个家蚕B型清道夫受体基因,这些基因分布在至少5条染色体上,其内含子的大小从几十到近万个碱基对。系统发生分析表明,14个家蚕B型清道夫受体基因分布在3个类群:第1类群中分布的9个基因和第3类群中分布的3个基因,分别与类群中其它昆虫的同源基因形成明显的直系同源关系;第2类群中分布有2个基因,此类群中不同昆虫的同源基因之间的进化关系较为复杂。EST数据和芯片数据分析表明,多数家蚕B型清道夫受体基因具有转录活性。RT-PCR检测结果显示,有8个家蚕B型清道夫受体基因在5龄第3天幼虫组织中表达,并具有不同的表达模式,推测这些基因可能行使不同的功能。研究结果为进一步诠释家蚕B型清道夫受体基因的功能奠定了基础。
关键词： 家蚕 B型清道夫受体基因 生物信息学分析 系统发生 组织表达
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基于amy基因的中国野桑蚕遗传多样性及其与家蚕的系统发育关系
《昆虫学报 》 2009 北大核心 CSCD
摘要：为探索中国野桑蚕Bombyx mandarina的遗传多样性及其与家蚕B.mori的系统发育关系,采用PCR产物直接测序法(少数样本克隆测序)获得34个家蚕和野桑蚕样本淀粉酶基因amy序列片段(715bp)。分析发现56个多态性位点,鉴定出28种单倍型(haplotype);核苷酸多样性π=0.01390±0.00103,单倍型多样度Hd=0.988±0.011。核苷酸不配对分析(mismatchan alysis)和Fu’sFs检测表明中国野桑蚕曾发生过种群扩张。分子方差分析(AMOVA)表明,遗野桑蚕传差异主要在种群内,种群间和地理组群间差异不显著。聚类树上34个样本聚为3枝/3蔟,野蚕和家蚕都不按地理区域或系统(类型)聚类,A枝由来自不同地区的野蚕和不同类型的家蚕混合构成,并且进一步分成3个亚枝,每一亚枝也同时包含家蚕和野蚕,B枝由3个家蚕和1个野蚕混合构成,C枝全部由来自不同地区的野蚕构成。网络分析没有发现"祖先单倍型"和优势单倍型。结果提示,淀粉酶基因是一个多态性丰富的分子标记,中国野桑蚕遗传多样性十分丰富,据此推测家蚕起源于多种生态类型混杂的野桑蚕。
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从核糖体DNA ITS区序列研究甘蔗属及其近缘属种的系统发育关系
《作物学报 》 2003 北大核心 CSCD
摘要：测定了甘蔗属及其近缘属的 13个种共 4 3个个体和 1个橡草 (Pennisetum schumach)外群的核糖体 DNA中的内转录间隔区 (ITS)及 5 .8S r DNA基因的序列。结果表明 :甘蔗属及其近缘属种的 ITS区 (含 ITS1,5 .8S r DNA和ITS2 )序列的长度范围为 5 89～ 5 91bp,变异位点为 14 0个 ,信息位点为 6 0个 ;其中 ,ITS1和 ITS2的长度范围分别为 2 0 5～ 2 0 8bp和 2 16～ 2 2 0 bp,变异位点分别为 6 4和 6 8个 ,信息位点分别为 33和 2 4个 ;5 .8S r DNA长度范围为 16 4 bp,变异位点为 8个 ,信息位点为 3个。以狼尾草属的橡草 (P.schumach)作为外群 ,运用 PAUP4 .0 b软件构建的系统发育 NJ树表明 :浙江果蔗 (R4 5 )应属于热带种 (S. officinarum ) ;河王八属与蔗茅属的亲缘关系较近 ,各自的金猫尾种与蔗茅种、河王八种与滇蔗茅种分别交叉聚在 2个不同的小分支中 ;斑茅 (S.arundinaceum或 E.arundinaceum)具有其他属不同的特异位点 ,是距甘蔗属较远的一个独立分支 ,从分子水平上提出了斑茅并不属于甘蔗属的观点 ,但其是否属于蔗茅属 ,还是应当立为单种属则需进一步的研究论证。
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