科研产出
猪睾丸表达序列37(TEX37)克隆、mRNA表达及蛋白质功能生物信息学分析
《云南农业大学学报(自然科学版) 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：[目的]以版纳微型猪近交系(Banna mini-pig inbred line, BMI)为材料,初步探索猪睾丸表达序列37(TEX37)基因的特性和功能,为该基因在猪精子生成过程的作用研究奠定基础.[方法]利用Oligo7软件设计特异引物扩增BMI TEX37基因整个编码区,应用实时荧光定量PCR技术检测BMI 15个组织的TEX37 mRNA表达谱,并初步预测TEX37蛋白质的功能,最后构建TEX37的多物种氨基酸系统进化树.[结果]扩增得到BMI TEX37编码区序列长561 bp,编码186个氨基酸,基因登录号KU705619,氨基酸登录号AOC89037.多组织相对荧光定量表达分析表明:TEX37基因在睾丸中呈相对最高表达,在其他组织中呈相对较低表达.生物信息学分析表明:TEX37蛋白质含有TSC21结构域,二级结构以无规则卷曲为主,N末端疏水,C末端亲水,有2类磷酸化位点,无跨膜螺旋结构和信号肽.系统聚类表明:BMI与其他物种相似度在67%以上,进化较保守.[结论]该研究可为TEX37基因在猪精子生成方面的作用机理研究提供参考.
关键词： 睾丸表达序列37 (TEX37) 版纳微型猪近交系 精子生成 荧光定量PCR 生物信息学
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黑籽南瓜NBS类抗病基因的鉴别及关键基因分析
《植物生理学报 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：以云南栽培的枯萎病抗病品种绿皮黑籽南瓜(Cucurbita ficifolia)为材料,采用二代转录组和全长转录组测序相结合的方法,对黑籽南瓜NBS类抗病基因进行鉴别和筛选.结果显示:以NB-ARC作为参考氨基酸序列,共鉴定了43条CfNBS (NBS-type gene from C. ficifolia)类基因全长序列,分属于TNL、CNL、TN、RPW8-N和N类5个亚基因家族,典型的TNL和CNL类分别有2个和13个.系统进化树分析表明, CfNBS类基因可以分为4大类群,黑籽南瓜的NBS类抗病基因数量较少但其基因进化类型比其他瓜类物种丰富.与二代转录组进行比对,筛选获得11个差异表达的黑籽南瓜NBS类关键基因,包括4个抗病蛋白、2个蛋白激酶、2个TMV抗性蛋白和3个未知功能蛋白, qRT-PCR分析表明有10个Cf NBS类关键基因在枯萎病菌接种后48和96 h出现上调或下调表达,可能参与了黑籽南瓜对枯萎病菌侵染不同时间点的抗病应答过程.11个CfNBS类关键基因的GO (Gene Ontology)功能富集分析表明,其涉及的生物学过程显著富集在防卫反应、谷胱甘肽转运、改良氨基酸转运等10条GO条目中,涉及分子功能富集在ADP结合、受体丝氨酸/苏氨酸激酶结合、细胞壁结构成分3个GO条目中.而富集通路最多的是与TMV抗性蛋白同源的2个基因(CL19588contig1和CL21402contig1),说明这2个基因在抗病应答过程中起到了重要作用.11个CfNBS类关键基因qRT-PCR组织表达特异性分析表明,在根、茎、叶和果实中表达量最高的基因分别是CL34065Contig1、CL52011Contig1、CL6035Contig1和CL19588Contig1.以上结果可为开展黑籽南瓜NBS类抗病基因的克隆和功能验证,以及解析黑籽南瓜响应枯萎病菌胁迫的抗性应答机制提供参考.
关键词： 黑籽南瓜 枯萎病 转录组 NBS类基因 qRT-PCR
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水杨酸和茉莉酸诱导水稻化感关键基因C4H的表达分析
《西南农业学报 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：[目的]肉桂酸-4-羟化酶(C4H)是苯丙烷合成途径次生代谢的重要酶,通过对不同化感潜力水稻中4个C4H基因:Os01g0820000、Os02g0467000、Os02g0467600、Os05g0320700的表达分析,研究它在不同化感潜力水稻中的区别,有助于揭示水稻化感抗(耐)性的内在机制.[方法]选用非化感水稻Lemont和化感水稻PI312777,进行水杨酸(SA)和茉莉酸(JA)处理,通过q-PCR对4个C4H基因的表达进行分析比较,同时以水稻叶片水浸提液测定其对稗草根生长的影响.[结果]经过JA和SA处理的非化感水稻Lemont叶片水浸提液对稗草根生长的抑制率分别提高了22%和18%,而化感水稻PI312777的抑制率分别提高了40%和28%.q-PCR结果表明,JA和SA处理后,Os01g0820000和Os02g0467000在2种水稻中相对表达量相似;而Os02g0467600和Os05g0320700两个基因在PI312777中相对表达量上调程度均高于Lemont,表明这2个基因在PI312777中可能更多的参与到C4H的合成代谢.[结论]JA和SA处理后的2种水稻化感潜力增强,Os02g0467600和Os05g0320700在PI312777和Lemont中表达差异较大,因此推测这2个基因是造成2种水稻化感潜力不同的重要因素.
关键词： 水稻化感 C4H(肉桂酸-4-羟化酶) 水浸提液 荧光定量PCR
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枯萎病菌胁迫下3种黑籽南瓜HQRGA2表达及抗氧化酶活性差异分析
《植物生理学报 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：以云南栽培的3个黑籽南瓜(Cucurbita ficifolia)品种(白皮、花皮和绿皮品种)为试材,在室内接种评价枯萎病抗性基础上,研究了3种材料受枯萎病菌胁迫后NBS抗病基因同源序列HQRGA2(GenBank登录号MG946756)的表达差异,以及活性氧产生和抗氧化酶活性差异。结果显示,3种黑籽南瓜HQRGA2的表达均受枯萎病菌诱导,与感病白皮品种和中抗花皮品种相比,抗病绿皮品种HQRGA2的表达水平增加迅速且持续能力强,呈增加-降低的表达特点。接种枯萎病菌后,感病品种和中抗品种■产生速率呈上升趋势,抗病品种则在侵染中后期急剧升高。感病品种和中抗品种的POD活性、MDA含量主要呈升-降-升的变化趋势,SOD活性则主要呈先升后降的变化趋势;而抗病品种的POD和SOD活性变化平稳,MDA含量呈逐步增加的趋势。枯萎病抗性与侵染早期POD和SOD活性呈负相关,与后期MDA含量呈正相关,而CAT活性与抗性并无一致性,感病品种和抗病品种的变化平稳,中抗品种表现为平稳-升高。由此表明,枯萎病菌侵染黑籽南瓜后,产生了较高水平的■,感病品种主要依赖SOD和POD,中抗品种依赖POD、SOD和CAT来清除活性氧,以增加植株的抗氧化能力。与感病品种相比,抗病品种能迅速启动并维持NBS类抗病基因序列的高量表达,其抗氧化酶可维持较高的活性水平,但对枯萎病菌胁迫不敏感。
关键词： 黑籽南瓜 枯萎病 NBS类基因 qRT-PCR 抗氧化酶
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西南鸢尾花色变异实时定量PCR内参基因的筛选与验证
《核农学报 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：为筛选适用于不同花色西南鸢尾花色合成途径相关基因表达分析的内参基因,本研究根据西南鸢尾及其白花变型白花西南鸢尾花蕾组织的转录组测序数据,筛选了6个常用内参基因(ɑ-TUB、β-TUB、AQP、ACT、GAPDH、UBQ),同时以百合18S做为对照内参基因,在西南鸢尾及其白花变型白花西南鸢尾的花蕾组织中,分别通过反转录PCR(RT-PCR)初筛和RT-qPCR检测表达量,并利用geNorm、NormFinder和BestKeeper软件对7个候选内参基因的稳定性进行评价。RT-PCR初筛结果显示,7个候选内参基因引物的特异性均较好,在6个样品间没有明显差异; RT-qPCR分析表明,7个候选内参基因的表达量存在一定差异,其中18S表达量最高,UBQ最低; geNorm、NormFinder和BestKeeper分析结果表明,ACT表现最稳定,最适合做为内参基因,β-TUB相对稳定性最低;以Actin为内参对西南鸢尾类黄酮/花青素和类胡萝卜素2类色素合成途径中部分相关基因的RT-qPCR分析结果与转录组测序结果相一致。本研究为鸢尾属植物花色素合成相关基因表达分析内参基因的筛选以及鸢尾属植物资源利用和花色育种研究提供了理论参考。
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月季‘绿萼’花器官发育相关microRNA的鉴定及分析
《植物科学学报 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：利用高通量测序技术,构建了中国古老月季‘绿萼’(Rosa chinensis ‘Viridiflora’)和‘月月粉’(R.chinensis‘Old Blush’)花蕾期的microRNA(miRNA)文库,并对其进行了测序和序列分析。结果显示,在‘绿萼’文库中,鉴定到已知的miRNA成熟体39个,miRNA前体42个;预测到新的miRNA成熟体56个,前体57个。在‘月月粉’文库中,鉴定到已知RNA成熟体39个,已知miRNA前体40个;预测到新的miRNA成熟体53个,前体57个。与‘月月粉’相比,‘绿萼’中差异表达的miRNA有31个,其中17个上调、14个下调。荧光定量PCR实验结果表明,miR156、miR398和miR535在2种月季的花蕾期表达上调,而miR167、miR172和miR396表达下调。进一步检测miR172和miR156在2种月季不同花器官中的表达差异,发现miR172在‘绿萼’的花瓣、雌、雄蕊中表达显著下调,提示miR172可能通过负调控其靶基因RcAP2的表达,在‘绿萼’花器官发育过程中起重要作用。
关键词： 月季品种‘绿萼’ 花器官发育 MiRNA高通量测序 荧光定量PCR
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云南泸西苹果病虫害调查与病原及害虫鉴定
《南方园艺 》 2019
摘要：云南红河州泸西县为云南重要的苹果新产区,调查鉴定泸西县苹果病虫害的发生情况,对泸西县的苹果病虫害防控,苹果产业发展具有重要意义。本研究系统调查和鉴定了云南红河州泸西县向阳乡习峨村、三塘乡、向阳乡沙马村等3个苹果产区的病虫害。通过室内病原显微观察,对真菌病原进行形态鉴定,应用RT-PCR检测技术与测序鉴定病毒,害虫形态鉴定。最终结果表明:云南泸西苹果病虫害共8种,其中真菌病害3种,有斑点落叶病、枝干轮纹病、褐斑病;病毒病害2种,有苹果茎沟病毒病、苹果花叶病毒病;虫害3种,蚜虫、蓟马和金纹细蛾3种虫害。其中斑点落叶病和褐斑病为主要病害,病毒病害其次,虫害发生率较小。其次通过调查与鉴定,否定了危险性病害苹果炭疽叶枯病在云南泸西的存在。
关键词： 泸西 苹果 病虫害 RT-PCR 检测 炭疽叶枯病
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基于长尖叶蔷薇与大花香水月季转录组数据的MLO unigenes生物信息学及表达分析
《植物遗传资源学报 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：在对长尖叶蔷薇和大花香水月季转录组测序的基础上,利用生物信息学方法,从其转录组数据中共获得23条MLO unigenes并对其进行了分析。结果显示它们之间的氨基酸数量、碱基数、分子量差异较小,多数为疏水性蛋白,平均亲水系数为-0.157~0.190,富含亮氨酸和丝氨酸。亚细胞定位主要分布于质膜中,包含5~9个跨膜结构;二级结构主要由α-螺旋组成。其中,等电点小于7的仅有1条,2条蛋白具有信号肽。这23条MLO蛋白具有15个长度在15~50个氨基酸间的保守基序。它们的系统进化关系分析结果揭示了MLO基因在长尖叶蔷薇与大花香水月季间具有较高的同源性和保守性。将这23条unigenes与来自于月季和拟南芥的MLO基因进行聚类分析,确定了6条可能参与抗白粉病的候选基因,对这6条候选基因进一步分析发现仅有2条unigenes符合MLO型白粉病基因的典型结构特征。最后,通过q RT-PCR试验验证,结果表明:这2条候选基因的相对表达量,在受到白粉病菌侵染后呈积极上调趋势。上述研究结果表明这2条候选基因很可能参与了寄主—白粉病菌的互作过程。
关键词： 长尖叶蔷薇 大花香水月季 MLO基因 抗白粉病 生物信息学 q RT-PCR
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黑籽南瓜中NBS类抗病基因同源序列的克隆与表达分析
《农业生物技术学报 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：黑籽南瓜(Cucurbita ficifolia)是云南特有的对病害有较强抗性的一种瓜类作物。为发掘利用其蕴含的优异抗病基因资源,本研究根据已克隆到的植物核苷酸结合位点(nucleotide binding site,NBS)类抗病基因的保守氨基酸结构域基因设计简并引物,通过PCR扩增从黑籽南瓜基因组中分离了8条黑籽南瓜抗病基因同源序列(resistance gene analogous,RGAs),聚类分析和相似性比较结果显示,黑籽南瓜抗病基因同源序列2(black seed squash resistance gene analogous 2,HQRGA2(Gen Bank No.:MG946756)单独为一类,且具有核苷酸结合衔接子(nucleotide-binding adaptor shared by APAF-1,R proteins and CED-4;NBARC)结构,其余7条序列均不具有NBS保守结构域。核苷酸相似性分析表明,HQRGA2与部分抗病基因序列的相似性达到87%~99%,其中与南瓜(Cucurbita maschata)NBS类抗病蛋白基因13(squash resistance gene analogous,SQRGA-13)和SQRGA-8的相似性分别达到98.0%和97.0%。对HQRGA2编码的氨基酸保守结构域分析表明,其含有NBS类抗病基因的4个保守模块:P-loop、Kinase-2、Kinase-3a和GLPL区,且属于无Toll蛋白或白介素1受体类似的NBS富亮氨酸重复(non toll/interleukin-1 receptor like of NBS plus leucine-rich region,non-TIR-NBS-LRR)类抗病基因同源序列。HQRGA2编码氨基酸的同源性分析结果表明,其与南瓜抗病蛋白基因SQRGA-13氨基酸同源性较高,达到96.6%,与其余抗病基因同源性在16.6%~43.8%之间,NBS区域氨基酸系统进化树分析结果表明,HQRGA2可能是一个新的抗病基因片段。q RTPCR分析表明,黑籽南瓜HQRGA2片段的表达受尖孢镰刀菌(Fusarium oxysporum)的胁迫诱导,表现出先扬后抑的表达模式,说明HQRGA2可能为抗病相关基因片段。黑籽南瓜中NBS类抗病基因同源序列HQRGA2的获得为分离克隆其完整抗病基因提供了新线索。
关键词： 黑籽南瓜 核苷酸结合位点(NBS)类基因 保守结构域 qRT-PCR
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番茄环纹斑点病毒(TZSV)实时荧光定量PCR检测方法的建立
《山东农业科学 》 2017
摘要：本研究根据番茄环纹斑点病毒(Tomato zonate spot virus,TZSV)保守N基因(Gen Bank登录号:13YV639)设计一对特异性引物,通过优化反应条件和反应体系,构建了TZSV的SYBR Green RT-qPCR检测方法。该方法稳定可靠,组内和组间的变异系数都小于2%;标准曲线的斜率和相关系数分别为-3.39和0.996,扩增效率为97.44%;最低能检测到1.07×10~4copies/μL的阳性质粒,灵敏度为常规PCR的1 000倍。同时利用构建的RT-qPCR方法检测TSWV、TNSa V、PCSV和TZSV四种病毒,只有TZSV有特异扩增曲线,表明该方法特异性良好。本研究构建的RT-qPCR方法能够为TZSV的早期预警与动态监测提供可靠的技术支撑。
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