科研产出
三七栽培居群遗传多样性的EST-SSR分析
《植物遗传资源学报 》 2011 北大核心 CSCD
摘要：利用EST-SSR标记分析比较6个文山三七居群的遗传多样性和遗传结构,并以2个近缘种为对照进行聚类分析。17对人参属EST-SSR引物在8个居群中共检测到205个多态位点。在居群水平上,6个三七栽培居群的平均多态性信息量为0.729,Ne i′s基因多样性为0.1568,Shannon多样性指数为0.2466,居群间的遗传分化系数为0.2350。研究显示三七具有丰富的遗传多样性,但彼此间具较高的基因交流,居群间遗传分化水平低,遗传差异主要存在于居群内;另外,遗传相似度和聚类分析显示,三七及其近缘种被划分为3个大类群,6个三七栽培居群被分为3个小类群,三七与珠子参有较近的遗传关系,而与屏边三七的遗传距离较远。
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云南滇龙胆居群表型多样性及其与环境关系研究
《西北植物学报 》 2011 北大核心 CSCD
摘要：为揭示滇龙胆天然居群表型变异程度和变异规律,以云南省5个区域天然分布的20个野生居群400个单株20个表型性状指标为调查研究对象,并用变异系数、Shannon-Weiner多样性指数和巢式方差分析对滇龙胆居群间和居群内的表型变异进行分析,用相关性分析对滇龙胆表型性状与地理气象因子间的变异格局进行分析,用类平均聚类法对20个滇龙胆居群进行分类.结果表明:5个区域的滇龙胆以楚雄地区变异最大,变异系数为39.8%,变异最小的是昆明地区,为31.4%;不同居群的20个表型性状变异程度差异明显,变异系数在14.4%～91.8%之间,平均为40.4%,20个居群的平均变异为26.8%～37.0%;滇龙胆地理居群的表型分化较高,20个性状居群间的分化系数平均为73.14%,变化范围为36.03%～91.94%,居群间变异高于居群内;滇龙胆20个表型性状的总的多样性指数平均为2.547,5个不同分布区域多样性指数存在差异,最大为楚雄(1.271 4),最小为玉溪(1.266 7);表型性状变异受经度和降雨量影响较大,与纬度、海拔和温度相关性不显著;通过UPGMA聚类,滇龙胆被分成3个组,性状的表型特征并没有依地理距离而聚类.研究发现滇龙胆表型变异式样丰富,对其资源的保护和利用具有重要意义.
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云南当前种植地方稻种SSR遗传多样性分析
《植物遗传资源学报 》 2011 北大核心 CSCD
摘要：选用20对SSR引物对2007-2008年间从云南省56个县(区)收集的416份地方稻种进行遗传多样性分析。共检测到116个等位变异,每个位点变幅为3～13,平均为5.8个;SSR引物多态性信息含量PIC指数平均为0.681,最小为RM18的0.349,最大的RM6748为0.891;56个县的PIC变幅为0.025～0.679,平均为0.381,勐海县的PIC最高,广南县等仅有1份参试材料的8个县的PIC最低。聚类结果表明,在遗传一致度为0.362处将56个县的稻种分为3个类群,第Ⅰ类包括勐海等54个县,在阈值为0.499处又分为2个亚类,其中亚类Ⅰ-1包括36个县,亚类Ⅰ-2包括18个县,第Ⅱ类仅包括思茅区,第Ⅲ类仅包括河口县;楚雄州的牟定县与姚安县的遗传一致度最大,为0.943,大姚县与姚安县的遗传一致度也较高,为0.925,思茅区与宁蒗县的遗传一致度最小,为0.033,各县(区)的遗传一致度与地理位置有一定的相关性。本研究结果表明,云南当前种植的地方稻种具有丰富的遗传多样性,但分布很不均匀,遗传多样性主要集中在西双版纳、德宏、普洱、临沧和红河5个州市。
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云南不同土壤铅背景值下大叶茶种群对铅的吸收积累特征及其遗传分化
《生态学报 》 2011 北大核心 CSCD
摘要：在具有不同土壤铅(Pb)背景值的云南大叶茶主产区,分析了11个大叶茶种群所在地的土壤Pb含量,相应各种群的老、嫩叶Pb含量和富集系数,并利用ISSR分子标记研究了这些种群的遗传特征,以期认识不同大叶茶种群在不同Pb背景值下对Pb的吸收积累特征及其遗传分化状况。结果表明:(1)在本研究区域内,大叶茶种群间土壤Pb含量、老叶和嫩叶Pb含量、富集系数差异显著,土壤有效Pb、嫩叶Pb含量分别在0.78—15.20mg/kg和2.03—7.02 mg/kg之间,嫩叶Pb富集系数变化范围为0.001—0.24;种群内差异小,例如P6种群内嫩叶Pb含量在2.82—2.84 mg/kg之间,嫩叶Pb富集系数变幅为0.09—0.10。(2)筛选的10个ISSR引物扩增出81条带,平均多态位点百分率(PPB)为75.25%;Shannon's指数(I)估算出种群间的变异为34.28%,利用POPGENE软件计算出种群间遗传分化系数GST为0.3116,分子方差分析(AMOVA)也显示种群间变异占35.37%(P<0.001),表明不同种群的大叶茶出现了遗传分化。(3)UPGMA聚类分析发现,11个种群可分为5个类群,对Pb吸收累积能力高的与能力低的种群在聚类分析中存在明显分异;相关性分析表明,土壤有效Pb含量与PPB、Ⅰ、Nei's基因多样性指数(H)的Pearson相关系数r分别为-0.633,-0.786,-0.581(P<0.05),土壤有效Pb含量与大叶茶种群遗传多样性水平程度不同呈负相关。讨论分析认为,在土壤Pb高背景值条件下,部分大叶茶种群遗传多样性水平降低,不同种群对Pb的吸收累积能力存在明显差异,种群间出现了显著的遗传分化。对低铅富集的遗传分化现象的深入研究将可能为遴选拒吸收污染物的洁净种质、在污染条件下进行无公害生产提供新途径。
关键词： 云南大叶茶 铅 吸收累积 ISSR 遗传多样性 遗传分化
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云南铁壳麦变种分类及基于农艺性状的遗传多样性分析
《安徽农业科学 》 2011 北大核心
摘要：[目的]为给云南省小麦新品种选育以及物种保护研究提供依据。[方法]对29份云南铁壳麦进行了变种分类和基于14个农艺性状的遗传多样性分析。[结果]云南铁壳麦A14为一未定名的白粒变种,其余28份材料分为10个已定名变种类型;云南铁壳麦农艺性状变异较丰富,以不孕小穗数变异系数最大(22.59%),抽穗期的变异最小;云南铁壳麦7个农艺性状的多样性指数变化较大,为1.55～2.04。29份云南铁壳麦分为3个类群,但同一变种类型的云南铁壳麦并未整齐的聚为一类;云南铁壳麦A13、A14和A21间的遗传关系相对较近,而与其他云南铁壳麦间的遗传关系相对较远。[结论]云南铁壳麦在农艺性状上存在较为广泛的遗传多样性。
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绢毛蔷薇居群遗传多样性的SSR分析
《西南农业学报 》 2011 北大核心 CSCD
摘要：以收集的8个绢毛蔷薇居群的80份样本为研究对象,利用SSR技术分析其遗传多样性。80个样本的多态位点百分率、Nei's基因多样性指数(H)和Shannon信息指数(I)分别为69.66%、0.1425、0.2296。比较8个居群的遗传多样性指标,显示居群间遗传变异55.53%,居群内遗传变异44.47%。茂林居群的遗传多样性最高(H=0.0879,I=0.1331,多态位点百分率为25.84%)。聚类分析结果显示,8个居群可聚类为2组。居群遗传分化系数(Gst)和基因流(Nm)分别为0.5553和0.4005,表明绢毛蔷薇基因分化明显,基因交流受阻。
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茶树EST-SSRs特点及应用
《西北农业学报 》 2011 北大核心 CSCD
摘要：利用NCBI公共数据库下载获得的3 306条茶树EST,去除其中低质量和冗余的序列,得到全长为635.46 kb的1 335条无冗余EST,在这些序列中共发现216个SSR,分布于185个EST中,出现的频率为16.18%,平均每2.94 kb的表达序列中有1个SSR。茶树的EST-SSR类型丰富,其中二核苷酸重复出现的频率最高,占主导地位。利用Primer 5.0软件从185条含有SSR的EST中设计引物100对,从中随机选取60对引物检测EST-SSR在云南茶树资源中的多态性。结果表明,有30对引物在供试的63份茶树资源中得到有效扩增,并具有多态性;共检测到等位基因数71个,每对引物检测出的等位基因数2~8个,平均4.9个;多态信息量(PIC)变幅为0~0.731,平均为0.499;观察杂合度变幅为0~0.970,平均0.392。EST-SSR标记分析表明云南茶树资源具有较高的遗传多样性。
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云南水稻条纹病毒RNA3的分子变异及遗传多样性分析
《西南农业学报 》 2011 北大核心 CSCD
摘要：为从分子水平上探讨云南水稻条纹病毒(RSV)分子变异及其遗传多样性,采用RT-PCR技术,对云南省大理州巍山县和昆明市宜良县2个分离物的RNA3进行克隆和测序,获得RNA3YWS和RNA3YYL全长序列,2个分离物的RNA3核苷酸序列长度分别为2489和2490 bp。并将获得的序列与不同时期、不同区域的RNA3全长序列进行比较,并对22条RNA3序列构建系统发育树。结果表明,YWS和YYL与YBS、YA、FYi等分离物具有更近的亲缘关系,与云南以外的中国分离物和日本T和M分离物亲缘关系较远,表明RSV在自然界中的分子变异与地理分布有着密切的关系。根据不同基因在核苷酸和氨基酸水平上的差异,探讨了22条RNA3的分组情况,YWS和YYL同属于第一组,即云南组;同时对RNA3 2个编码基因及IR3在DNA水平上的遗传多样性进行分析,综合分析了云南RSV不同分离物RNA3的分子变异。推测云南独特的地理气候条件和丰富的生物多样性可能是造成云南RSV复杂遗传分化的主要原因。
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