科研产出
水稻稻瘟病菌基因组中疏水蛋白的分布与聚类分析
《分子植物育种 》 2009 CSCD
摘要：病原菌中的疏水蛋白在病原菌与寄主植物互作的过程中起着重要的作用。本研究利用BLAST工具从NCBI数据库公布的58个疏水蛋白序列中筛选得到18条稻瘟病病原菌基因组中具有潜在疏水蛋白功能的ORF,选取其中的11条ORF设计特异引物,检测其在17个稻瘟病病原菌中的分布状况。同时,利用序列比对工具ClustalX和Mega3.0软件的邻接法,对筛选的58条已知疏水蛋白序列构建疏水蛋白的系统进化树。研究结果表明:经PCR检测,在11对引物中有4对引物高度专一且所得片断与预期大小基本一致,6对引物扩增不特异,1对引物扩增无特异条带。通过系统进化树分析得知,疏水蛋白间的平均分离度为0.62,筛选的58条疏水蛋白可分为两大类:ClusterⅠ和ClusterⅡ,分别与真菌疏水蛋白Ⅰ型和Ⅱ型相对应;所有的担子菌、稻瘟菌和绿僵菌中的疏水蛋白构成ClusterⅠ,其它真菌的疏水蛋白构成ClusterⅡ。本试验的研究将为进一步明确稻瘟病病原菌中的疏水蛋白分布状况,以及相关基因的功能验证奠定基础。
两套鉴别品种对云南稻瘟病菌株鉴别能力的比较
《中国农业科学 》 2009 北大核心 CSCD
摘要：【目的】比较日本鉴别品种和国际水稻研究所(IRRI)以中国普感品种丽江新团黑谷为回交亲本选育的水稻近等基因品系的鉴别能力。【方法】应用云南省3个稻作区27个县(市)采集、分离的418个稻瘟病菌分生孢子单孢菌株,分析两套水稻鉴别品种的鉴别能力,两套材料各由9个携带不同主效抗稻瘟病基因的品种组成,一套为日本鉴别品种,另一套为2个日本鉴别品种和7个以普感品种丽江新团黑谷为背景的近等基因系(IRBL鉴别品系)组成。【结果】以普感品种丽江新团黑谷为回交亲本选育的IRBL鉴别品系有较高的鉴别能力。IRBL鉴别品系可鉴定出126个小种,而日本鉴别品种鉴定出的小种数仅为95个。【结论】使用遗传背景一致,主效抗病基因不同的鉴别品种是较为理想的,有较高的鉴别能力。
氮胁迫条件下稻瘟病菌分泌蛋白致病性分析
《植物病理学报 》 2009 北大核心 CSCD
摘要：以CH-63和TH-16 2个致病性差异的稻瘟病菌株为材料,在缺氮培养条件下进行液体培养。经培养2 d后,采用铵盐沉淀及透析纯化处理获得稻瘟病菌培养滤液中的分泌蛋白。分别采用致伤接种及浸泡处理对该蛋白作用水稻植株后的病理反应进行系统研究,结果表明经致伤接种的水稻叶片及茎杆接种斑处出现明显的坏死病斑,其病斑直径是对照的2~4倍。浸泡处理的水稻幼根出现严重褐化,植株生长矮小,株高仅为对照的1/2。对上述稻瘟病菌株分泌蛋白进行酶解处理后病症消失或减弱,进一步确证其为引起上述病理反应的主要因子。将该分泌蛋白接种24个水稻单基因系,接种后72 h根据病斑长度将24个IRRI水稻单基因系按抗、中、感病性状分组。对稻瘟病菌菌株CH-63和TH-16的缺氮分泌蛋白致病力强弱差异与菌丝块接种结果进行比较,结果表明CH-63致病力强于TH-16。
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一种农杆菌介导稻瘟病菌的遗传转化
《植物保护学报 》 2008 北大核心 CSCD
摘要：以农杆菌C58C1及携带潮霉素抗性的质粒pBIG2RHPH2为介导,以广泛不致病的野生型稻瘟病菌CY2为出发菌株,开展稻瘟病菌T-DNA插入转化条件的研究。农杆菌OD600为0.1条件下,乙酰丁香酮(AS)200μmol/L,用IM培养基(pH5.2)共培养。结果表明,在潮霉素、头孢噻肟钠和壮观霉素为200μg/mL,2mm滤纸条筛选培养,转化效率最高,平均可获得329.0个转化子/1×104个孢子。通过对转化子的继代稳定性和PCR检测,证明转化子均获得了T-DNA插入片段,且能稳定遗传。采用接种法,在不同遗传背景的44个抗稻瘟病的水稻近等基因系接种8000个转化子,获得20个致病突变体。
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22个垂抗稻瘟病基因在云南的利用价值评价
《云南大学学报(自然科学版) 》 2008 北大核心 CSCD
摘要：为了明确22个抗稻瘟菌基因在云南省的抗性水平及其利用价值,将采集、分离自云南省3个稻作区的282个稻瘟病菌单孢菌株,接种于以丽江新团黑谷为轮回亲本培育而成的含有22个垂直抗性基因的水稻单基因系上,根据各稻作区采集的菌株在水稻单基因系上的侵染率,分析出各垂直抗性基因在云南省各稻作区的利用价值:持有Pi9,Piz5,Pi1,Pita2,Piz,Pikh,Pizt7个垂直抗性基因的单基因系的侵染率分别为1.22%,2.40%,3.21%,4.82%,5.95%,7.23%,9.04%,可在籼稻区种植或作抗源使用;持有Pi9,Piz5,Pi1,Pita2,Piz,Pikh,Pizt,Pi12,Pita,Pib10个垂直抗性基因的单基因系的侵染率分别为0.93%,16.67%,10.19%,5.09%,15.74%,15.74%,12.04%,9.26%,19.29%,11.11%,可在粳稻区种植或作抗源使用;持有Pi9,Piz5,Pi1,Pita24个垂直抗性基因的单基因系的侵染率分别为8.60%,13.83%,10.93%,18.04%,可在籼粳交错区种植或作抗源使用.同时用联合致病性系数和联合抗病性系数分析了病菌和单基因系的群体互作以及抗瘟组合的利用价值,结果表明:品种两两搭配后的RAC值大于0.80的组合有:Pi9与Pita2,Pizt,Pi1,Piz,说明以上4种组合的抗病性最强,应用价值最大.
关键词： 稻瘟病菌 毒力频率 联合抗病性系数 联合致病性系数
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稻瘟病菌含信号肽小蛋白的计算机分析
《生物技术通报 》 2006 CSCD
摘要：结合计算机技术和生物信息学的方法,采用组合的信号肽分析软件SignalPv3.0、TargetPv1.1、Big-PIpredictor、TMHMMv2.0和SecretomeP对已公布的1486个稻瘟菌(magnaporthegrisea)小蛋白基因的N-端氨基酸序列进行信号肽分析,同时系统分析了信号肽的类型及结构。分析结果表明,在1486个稻瘟病菌小蛋白中,119个具有N-端信号肽的典型分泌蛋白。其中116个具有分泌型信号肽,1个具RR-motif型信号肽,2个具信号肽酶II型信号肽。在稻瘟病菌基因组中,分泌型小蛋白的序列是高度趋异的,仅出现少数氨基酸组成完全一致的信号肽,为进一步确认具有相同信号肽的分泌蛋白是否具有同源性,分别用BLAST2SEQUENCES对具有相同信号肽的分泌蛋白进行了序列对比。结果表明,具有相同信号肽的分泌蛋白同源性非常高。同时还采用Sublocv1.0对1486个小蛋白的亚细胞位置进行了预测,结果显示小蛋白的可能功能场所包括细胞质、细胞外、线立体和细胞核,功能场所位于细胞核的小蛋白是最多的。
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稻瘟病菌阅读框架中SSR频率、分布及所在基因功能
《中国水稻科学 》 2005 北大核心 CSCD
摘要：在对稻瘟病菌基因组中SSR分布进行了系统分析的基础上,对由1~6个碱基为重复单元的SSR在基因的蛋白质编码区中的分布进行了分析。结果表明,该病原菌的2 378 个基因的编码区中共分布有3 240 个SSR序列(标准是15bp以上,匹配值为80%)。在已经有注释的4 732个基因中,861个基因的编码区中有SSR。编码区中的SSR以三碱基重复和六碱基重复为主,其他类型的SSR则很少在编码区中出现。SSR在这些基因中很少有保守性,表明这些基因的高度变异,或者起源是较晚的。含有SSR的基因多为转录蛋白、信号传导的细胞调节基因这一现象表明,SSR在物种形成过程中有重要作用。利用基因编码区中丰富的SSR序列信息及其变化带来的功能变化的信息,将可以在该菌功能基因组的研究中发挥十分重要的作用。
关键词： 稻瘟病菌 基因组 微卫星序列 分布 蛋白质编码区 功能基因组学
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禾谷镰刀菌和稻瘟病菌基因组中的微卫星序列比较
《植物保护学报 》 2005 北大核心 CSCD
摘要：利用禾谷镰刀菌 Fusarium graminearum 和稻瘟病菌 Magnaporthe grisea 基因组测序结果,对这两种植物病原真菌基因组中的微卫星(SSR)序列进行了系统地分析和比较。结果表明,在禾谷镰刀菌基因组中,共发现4679个 SSR 序列,总长度为96.2 kb,占基因组全长的0.27%。平均7.7kb 碱基中有一个大于15 bp 的 SSR 序列。在稻瘟病菌基因组中共发现16398个 SSR 系列,其总长度达到330 kb,约占整个基因全长的0.85%,平均2.36 kb 碱基中就分布有1个 SSR 序列。在禾谷镰刀菌基因组中,数量最多的是五碱基重复序列,其次是六碱基重复序列;稻瘟病菌基因组中数量最多的是单碱基重复序列,其次为三碱基重复序列和五碱基重复序列。两基因组中数量最少的都是二碱基重复序列。尽管这两种植物病原真菌都属子囊菌,基因组大小也十分接近,但无论是在SSR 的总体数量上,还是在各类 SSR 的分布上,两种植物病原真菌都存在十分显著的差别。
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二十二个抗稻瘟病基因在云南的利用价值评价
《植物保护学报 》 2005 北大核心 CSCD
摘要：为了明确22个抗稻瘟菌基因在云南省的抗性水平及其利用价值,将采集、分离自云南省3个稻区的282个稻瘟病菌单孢菌株,接种于以丽江新团黑谷为轮回亲本培育而成的含有22个垂直抗性基因的水稻单基因系上。根据各稻区采集的菌株在水稻单基因系上的侵染率,分析出各垂直抗性基因在云南省各稻区的利用价值。持有 Pi9、Piz~5、Pil、Pita~2、Piz、Pik~h、Piz~t7个垂直抗性基因的单基因系的侵染率分别为1.22％、2.40％、3.21％、4.82％、5.95％、7.23％、9.04％,可在籼稻区种植或作抗源使用;持有 Pi9、Piz~5、Pil、Pita~2、Piz、Pik~h、Piz~t、Pil2、Pita、Pib10个垂直抗性基因的单基因系的侵染率分别为0.93％、16.67％、10.19％、5.09％、15.74％、15.74％、12.04％、9.26％、19.29％、11.11％,可在粳稻区种植或作抗源使用;持有 Pi9、Piz~5、Pil、Pita~24个垂直抗性基因的单基因系的侵染率分别为8.60％、13.83％、10.93％、18.04％,可在籼粳交错区种植或作抗源使用。同时用联合致病性系数和联合抗病性系数分析了病菌和单基因系的群体互作以及抗瘟组合的利用价值,结果表明:品种两两搭配后的 RAC 值大于0.80的组合有 Pi9与 Pita~2、Piz~t、Pil、Piz,说明以上4种组合的抗病性最强,应用价值最大。
关键词： 稻瘟病菌 毒力频率 联合致病性系数 联合抗病性系数
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稻瘟病菌基因组中微卫星序列的频率和分布
《中国水稻科学 》 2004 北大核心 CSCD
摘要：利用已经公布的稻瘟病菌基因组测序结果 ,对该植物病原真菌基因组中的微卫星 (SSR)的类型、大小及分布进行了系统分析。在已经公布的 37.89Mb的基因组序列中 ,共有 16 398个由 1～ 6个核苷酸为基序的SSR序列 (匹配值为80 % ) ,其总长度占整个基因组碱基数的 0 .87% ,平均 2 .31kb碱基中就分布有 1个大于 15bp的SSR。其中数量最多的是单碱基重复 ,达到 4 392个 ,其次为三碱基重复序列 (35 86个 ) ,五碱基重复序列 (344 2个 ) ,这 3种SSR总数达 114 2 0个 ,占SSR的 6 9.7%。数量最少的是二碱基重复序列 ,只有 6 80个。在整个基因组中的主要基序有A ,AG ,AC ,ACG ,AGC ,AAG ,GGC ,ACCT ,ATCC ,AAAG ,AAAAG ,AAAAT ,AAAAC ,AAAAAG ,AAAAAT和AACTAG。有的基序类型则完全没有出现。对不同超级连锁群的分析结果表明 ,各连锁群之间的SSR分布有一定差异 ,但总体上仍是较为均衡的。这些结果为稻瘟病菌的基因标记、群体结构研究、非编码区DNA序列的结构及功能研究提供了一个较好的基础。
关键词： 稻瘟病菌 基因组 微卫星序列 频率 分布 遗传标记
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