科研产出
稻瘟病菌阅读框架中SSR频率、分布及所在基因功能
《中国水稻科学 》 2005 北大核心 CSCD
摘要：在对稻瘟病菌基因组中SSR分布进行了系统分析的基础上,对由1~6个碱基为重复单元的SSR在基因的蛋白质编码区中的分布进行了分析。结果表明,该病原菌的2 378 个基因的编码区中共分布有3 240 个SSR序列(标准是15bp以上,匹配值为80%)。在已经有注释的4 732个基因中,861个基因的编码区中有SSR。编码区中的SSR以三碱基重复和六碱基重复为主,其他类型的SSR则很少在编码区中出现。SSR在这些基因中很少有保守性,表明这些基因的高度变异,或者起源是较晚的。含有SSR的基因多为转录蛋白、信号传导的细胞调节基因这一现象表明,SSR在物种形成过程中有重要作用。利用基因编码区中丰富的SSR序列信息及其变化带来的功能变化的信息,将可以在该菌功能基因组的研究中发挥十分重要的作用。
关键词： 稻瘟病菌 基因组 微卫星序列 分布 蛋白质编码区 功能基因组学
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禾谷镰刀菌和稻瘟病菌基因组中的微卫星序列比较
《植物保护学报 》 2005 北大核心 CSCD
摘要：利用禾谷镰刀菌 Fusarium graminearum 和稻瘟病菌 Magnaporthe grisea 基因组测序结果,对这两种植物病原真菌基因组中的微卫星(SSR)序列进行了系统地分析和比较。结果表明,在禾谷镰刀菌基因组中,共发现4679个 SSR 序列,总长度为96.2 kb,占基因组全长的0.27%。平均7.7kb 碱基中有一个大于15 bp 的 SSR 序列。在稻瘟病菌基因组中共发现16398个 SSR 系列,其总长度达到330 kb,约占整个基因全长的0.85%,平均2.36 kb 碱基中就分布有1个 SSR 序列。在禾谷镰刀菌基因组中,数量最多的是五碱基重复序列,其次是六碱基重复序列;稻瘟病菌基因组中数量最多的是单碱基重复序列,其次为三碱基重复序列和五碱基重复序列。两基因组中数量最少的都是二碱基重复序列。尽管这两种植物病原真菌都属子囊菌,基因组大小也十分接近,但无论是在SSR 的总体数量上,还是在各类 SSR 的分布上,两种植物病原真菌都存在十分显著的差别。
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构巢曲霉菌基因组中的数量可变重复序列的组成和分布
《遗传学报 》 2005 SCI 北大核心 CSCD
摘要：利用已经公布的构巢曲霉菌基因组测序结果,对该真菌已测序基因组(30.1Mb)中的数量可变重复(VNTR)序列进行了较为系统、全面地分析。结果表明,在已经公布的基因组序列中,共有4837个以1～6个核苷酸为基序的VNTR序列(长度大于15bp,匹配值大于80%),其碱基总数占整个基因组碱基数的0.31%,平均6.2kb碱基中分布有一个大于15bp的VNTR。其中数量最多的五碱基VNTR,数量达到1386个,其次为六碱基VNTR(1228个),三碱基VNTR(1199个),这3种VNTR总数达3813个,占VNTR总数的78.8%。数量最少的是二碱基VNTR,只有144个。在9541个开放阅读框架(ORF)中的VNTR总数为1683个,共分布于1356个ORF中。其中只有1个VNTR的ORF为1117个。与其他生物内VNTR的分布类似,在基因编码区中,以三碱基VNTR和六碱基VNTR占绝对优势,在阅读框架中的VNTR中分别占到58.0%和52.9%。编码区的三碱基、六碱基VNTR分别为该菌基因组中相应VNTR总数的约44.4%和38.6%。由于编码区的碱基数占基因组碱基数的59.3%,所以这两种长度的VNTR在编码区中的密度略低于基因组中的平均密度。在编码区上下游300bp调控区,除在编码区数量较多的三碱基VNTR和六碱基VNTR外,其他各种长度的VNTR的比例都超过了10%。可见300bp的上下游调控区域是单碱基、二碱基、四碱基、五碱基VNTR的
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粗糙脉孢菌基因组中的微卫星序列的组成和分布
《中国农业科学 》 2004 北大核心 CSCD
摘要：利用已经公布的粗糙脉孢菌基因组测序结果,对该真菌基因组中的微卫星(SSR)序列进行了系统分析。结果表明,在已经公布的38.0 Mb 的基因组序列中,共有14 788 个以1～6个核苷酸为基序的 SSR序列(长度大于15 bp,匹配值大于80%),其碱基总数占整个基因组碱基数的 0.95%,平均2.57 kb 就分布有一个大于15 bp的SSR。其中数量最多的三碱基 SSR,数量达到 4 729个,其次为六碱基 SSR (2 940个)和单碱基 SSR(2 489 个),这3 类SSR 总数达10 158 个,占 SSR总数的68.7%。数量最少的是二碱基SSR,只有691 个。在可读框(ORF)中的SSR总数为 4 094个,共分布于2 373个 ORF中,其中只有1 个SSR 的ORF为 1 056个。与其它生物内 SSR的分布类似,在基因编码区中,以三碱基SSR和六碱基SSR占绝对优势,分别为基因组中三碱基和六碱基SSR总数的54.1%和48.8%,由于ORFs和编码区的碱基总数分别为该菌基因组碱基总数的约46%和38.3%, 所以这两种长度的SSR在编码区中的密度高于基因组中的平均密度。ORF上下游300 bp调控区域内是各类SSR相对的富集区。尤其是上游区域中的五碱基SSR,为平均密度的3倍,二碱基SSR和四碱基SSR的密度也是基因组中平均密度的2倍多。在下游调控序列中,五碱基、四碱基、二碱基、单碱基 SSR的密度,也大大超过了在基因?
关键词： 粗糙脉孢菌 基因组 微卫星序列 频率 分布 遗传标记
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稻瘟病菌基因组中微卫星序列的频率和分布
《中国水稻科学 》 2004 北大核心 CSCD
摘要：利用已经公布的稻瘟病菌基因组测序结果 ,对该植物病原真菌基因组中的微卫星 (SSR)的类型、大小及分布进行了系统分析。在已经公布的 37.89Mb的基因组序列中 ,共有 16 398个由 1～ 6个核苷酸为基序的SSR序列 (匹配值为80 % ) ,其总长度占整个基因组碱基数的 0 .87% ,平均 2 .31kb碱基中就分布有 1个大于 15bp的SSR。其中数量最多的是单碱基重复 ,达到 4 392个 ,其次为三碱基重复序列 (35 86个 ) ,五碱基重复序列 (344 2个 ) ,这 3种SSR总数达 114 2 0个 ,占SSR的 6 9.7%。数量最少的是二碱基重复序列 ,只有 6 80个。在整个基因组中的主要基序有A ,AG ,AC ,ACG ,AGC ,AAG ,GGC ,ACCT ,ATCC ,AAAG ,AAAAG ,AAAAT ,AAAAC ,AAAAAG ,AAAAAT和AACTAG。有的基序类型则完全没有出现。对不同超级连锁群的分析结果表明 ,各连锁群之间的SSR分布有一定差异 ,但总体上仍是较为均衡的。这些结果为稻瘟病菌的基因标记、群体结构研究、非编码区DNA序列的结构及功能研究提供了一个较好的基础。
关键词： 稻瘟病菌 基因组 微卫星序列 频率 分布 遗传标记
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云南省玉米地方种质资源类型及其品种的地理和生态分布
《西南农业学报 》 2004 CSCD
摘要：对云南地方玉米种质资源的类型及品种的整理和遗传分析,表明云南玉米地方种质资源共有7个类型,类型多样,分布广泛;昆明地区和滇中生态区是云南玉米资源类型的多样性分布地区和生态区;大理州、红河州、昭通地区和楚雄州是多种类型品种的多样性地理分布区,而滇中和滇南是多种类型品种多样性的生态分布区;但不同类型品种的地理和生态分布存在多样性差异,保山地区、昭通地区和大理州等5个地、州、市是马齿型品种的主要分布地区,昭通地区还是半马齿型、硬粒型和爆裂型品种多样性的地理分布区;玉溪市、红河州利文山州等5个地、州、市是糯质型品种的多样性分布地区;滇中是马齿型、半马齿型和硬粒型品种分布的生态区;滇南是糯质类型品种分布的主要生态区;昭通地区分布有多种类型的玉米种质资源,与当地的耕地成分、分布状况,人们种植和利用玉米的目的及用途密切相关。南部地区和滇南生态区分布有较多的糯质类型品种,南部各民族的民族饮食文化偏爱糯食。
关键词： 类型 品种 地理 生态 分布 玉米 种质资源 云南省
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云南野生稻资源考察及分布现状分析
《中国水稻科学 》 2004 北大核心 CSCD
摘要：利用现有资料 ,采用当地人员参与性考察调查方法 ,在 2 0 0 2年 10月和 2 0 0 3年 3月对云南省玉溪市、思茅地区、西双版纳傣族自治州、德宏傣族景颇族自治州、保山地区和临沧地区 16个县 (市 )的 93个野生稻原生境进行了考察核查。发现原先记载的 93个野生稻分布点中只有 30个点还存在野生稻 ,同时又发现了 10个疣粒野生稻新分布点。现存野生稻分布点合计 4 0个 ,其中普通野生稻 1个点、药用野生稻 2个点和疣粒野生稻 37个点。这 4 0个野生稻点分布于 6个地区 (州、市 ) 16个不同的县 (市 ) ,其中 35个点集中分布在思茅地区、临沧地区和德宏傣族景颇族自治州 12个县 (市 )。普通野生稻分布点的面积约 1334m2 ,2个药用野生稻分布点的面积均约为 334m2 ,37个疣粒野生稻分布点的面积变幅较大 ,从少量几丛到 13340 0m2 以上 ;分布面积不少于 13340m2 且密度在中等以上的分布点全省只有 8个 ,这 8个点中有 4个分布在思茅地区的普洱县、墨江哈尼族彝族自治县和思茅市 ,2个点分布在德宏傣族景颇族自治州的龙陵县 ,还有临沧地区的沧源佤族自治县和西双版纳景洪市各有 1个分布点。
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云南省水稻白叶枯病菌致病力差异的地理分布
《西南农业学报 》 2002 CSCD
摘要：使用12个分别持有不同抗病基因(Xa1,Xa2,Xa3,Xa4,Xa5,Xa7,Xa8,Xa10,Xa11,Xa13,Xa14和Xa21)的近等基因系水稻白叶枯病鉴别品种及3个对照品种(IR24,Toyonishiki和Sigadagabo),鉴别了从云南省收集的138个菌株。结果根据致病谱可以将这些菌株分成A～J共10组。A组菌株仅对Toyonishiki和Sigadagabo两个对照品种致病,J组菌株则能对9个鉴别品种和3个对照品种致病。对不同海拔采集的菌株进行致病力分析的结果表明,从大理、武定等较高海拔粳稻种植区采集的菌株致病力较弱,在鉴别品种上病斑的平均长度不到50mm;而元江、景洪、潞西等低海拔杂交稻种植区采集的菌株致病力较强,在鉴别品种上的病斑平均长度超过100mm。从高海拔稻区到低海拔稻区,病菌致病力有逐步增强的趋势。
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