灰盖鬼伞基因组中微卫星序列的组成

刘林; 李成云; 杨静; 业艳芬; 李进斌; 周晓罡; 王云月; 朱有勇; 《西南农业学报 》 2006 CSCD

摘要：本研究利用已公布的灰盖鬼伞基因组测序结果,对该真菌基因组中的微卫星(microsatellite)或简单重复序列(simplesequence repeats,SSRs)进行了系统分析。结果表明,在已公布的36.2 Mb的基因组序列中,共有7 859个SSR序列(长度大于15bp,匹配值大于80%)。SSR的碱基总数达143 kb,约占整个基因组碱基数的0.40%,平均4.61 kb中就有1个大于15 bp的SSR序列。其中数量最多的是3碱基SSR,数量达到3 033个,其次为6碱基重复序列(2 121个)、5碱基重复序列(1 820个),这3种SSR总数达6 974个,占SSR总数的84.9%,单碱基重复序列数量最少,仅有285个。与子囊菌中的稻瘟病菌和粗糙脉孢菌相比,灰盖鬼伞菌基因组中每百万碱基中的SSR数量和密度都较小。这些研究结果可为该担子菌基因组的特征描述、注释及分子标记的筛选提供基础信息。

关键词： 微卫星或简单重复序列 频率 分布 分子标记

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云南野生百合资源分布现状及保护利用

吴学尉; 李树发; 熊丽; 屈云慧; 张艺萍; 范眸天; 《植物遗传资源学报 》 2006

摘要：通过对云南省内11个区系野生百合资源的调查和分析,明确了云南11个区系中有9个区系分布有野生百合资源,云南野生百合的地理分布特点和种群数量,以及资源现状,并提出保护和开发利用云南野生百合资源的建议。

关键词： 云南 野生百合 分布现状 保护

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中国云南古茶树群落的分布和多样性

许玫; 王平盛; 唐一春; 宋维希; 矣兵; 陈玫; 《西南农业学报 》 2006 CSCD

摘要：在云南不同地区,目前仍分布着大片较完整的古茶树群落。本文分析了云南主要茶区古茶树群落的分布、种类和古茶树群落保存的多样性,旨在促进云南茶业健康、稳定地发展。

关键词： 古茶树群落 分布 种类 多样性

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麻疯树资源的分布及综合开发利用前景

杨顺林; 范月清; 沙毓沧; 朱红业; 段曰汤; 《西南农业学报 》 2006 CSCD

摘要：陈述了国内外麻疯树资源的分布状况,分析了国内外麻疯树资源的综合开发利用前景.

关键词： 麻疯树资源 分布 综合开发利用 前景

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非洲菊ESTs-SSR标记的频率和分布特点

王继华; 瞿素萍; 唐开学; 李成云; 陈海如; 《园艺学报 》 2006 北大核心 CSCD

关键词： 非洲菊 表达序列标签 微卫星序列 频率 分布

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外来入侵性杂草——大爪草

李向东; 赵国晶; 《杂草科学 》 2006

关键词： 大爪草 危害 分布 生物学特性

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稻瘟病菌阅读框架中SSR频率、分布及所在基因功能

李成云; 李进斌; 周晓罡; 张绍松; 董爱荣; 许明辉; 《中国水稻科学 》 2005 北大核心 CSCD

摘要：在对稻瘟病菌基因组中SSR分布进行了系统分析的基础上,对由1~6个碱基为重复单元的SSR在基因的蛋白质编码区中的分布进行了分析。结果表明,该病原菌的2 378 个基因的编码区中共分布有3 240 个SSR序列(标准是15bp以上,匹配值为80%)。在已经有注释的4 732个基因中,861个基因的编码区中有SSR。编码区中的SSR以三碱基重复和六碱基重复为主,其他类型的SSR则很少在编码区中出现。SSR在这些基因中很少有保守性,表明这些基因的高度变异,或者起源是较晚的。含有SSR的基因多为转录蛋白、信号传导的细胞调节基因这一现象表明,SSR在物种形成过程中有重要作用。利用基因编码区中丰富的SSR序列信息及其变化带来的功能变化的信息,将可以在该菌功能基因组的研究中发挥十分重要的作用。

关键词： 稻瘟病菌 基因组 微卫星序列 分布 蛋白质编码区 功能基因组学

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云南稻种资源表现型分布地和分布民族分析

徐福荣; 戴陆园; 叶昌荣; 余腾琼; 汤翠凤; 王建军; 伍少云; 张金渝; 《西南农业大学学报(自然科学版) 》 2005 北大核心 CSCD

摘要：通过对分布于82个县市的1 630份中国云南保存的地方稻种资源多种表现型现象进行分析,结果共有724份 稻种资源是具有多种表现型现象的资源,即多型性资源,多型性资源的比例为44.0％,多型性系数X为1.75,多样性 指数日为1.34,X与H的相关系数r=0.90**。多型性资源的地理分布主要集中在思茅、临沧、版纳和德宏4个地州, 以墨江、景洪、龙隆、永德、普洱、孟连和云县等7个县(市)为中心的地带,即云南多型性稻种资源主要集中分布在南 部边缘及滇西南地区的野生稻分布区、稻种资源富集区和陆稻的主要种植区。分布地区是傣族、哈尼族、拉祜族和佤 族等少数民族的主要聚居地。云南稻种资源的多种表现型现象与当地的地理和民族密切相关。

关键词： 分析 多种表现型 分布地 民族 稻种资源 云南

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禾谷镰刀菌和稻瘟病菌基因组中的微卫星序列比较

李成云; 李进斌; 刘林; 杨静; 周晓罡; 《植物保护学报 》 2005 北大核心 CSCD

摘要：利用禾谷镰刀菌 Fusarium graminearum 和稻瘟病菌 Magnaporthe grisea 基因组测序结果,对这两种植物病原真菌基因组中的微卫星(SSR)序列进行了系统地分析和比较。结果表明,在禾谷镰刀菌基因组中,共发现4679个 SSR 序列,总长度为96.2 kb,占基因组全长的0.27%。平均7.7kb 碱基中有一个大于15 bp 的 SSR 序列。在稻瘟病菌基因组中共发现16398个 SSR 系列,其总长度达到330 kb,约占整个基因全长的0.85%,平均2.36 kb 碱基中就分布有1个 SSR 序列。在禾谷镰刀菌基因组中,数量最多的是五碱基重复序列,其次是六碱基重复序列;稻瘟病菌基因组中数量最多的是单碱基重复序列,其次为三碱基重复序列和五碱基重复序列。两基因组中数量最少的都是二碱基重复序列。尽管这两种植物病原真菌都属子囊菌,基因组大小也十分接近,但无论是在SSR 的总体数量上,还是在各类 SSR 的分布上,两种植物病原真菌都存在十分显著的差别。

关键词： 禾谷镰刀菌 稻瘟病菌 基因组 微卫星序列 分布

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构巢曲霉菌基因组中的数量可变重复序列的组成和分布

李成云; 李进斌; 周晓罡; 张绍松; 许明辉; 《遗传学报 》 2005 SCI 北大核心 CSCD

摘要：利用已经公布的构巢曲霉菌基因组测序结果,对该真菌已测序基因组(30.1Mb)中的数量可变重复(VNTR)序列进行了较为系统、全面地分析。结果表明,在已经公布的基因组序列中,共有4837个以1～6个核苷酸为基序的VNTR序列(长度大于15bp,匹配值大于80%),其碱基总数占整个基因组碱基数的0.31%,平均6.2kb碱基中分布有一个大于15bp的VNTR。其中数量最多的五碱基VNTR,数量达到1386个,其次为六碱基VNTR(1228个),三碱基VNTR(1199个),这3种VNTR总数达3813个,占VNTR总数的78.8%。数量最少的是二碱基VNTR,只有144个。在9541个开放阅读框架(ORF)中的VNTR总数为1683个,共分布于1356个ORF中。其中只有1个VNTR的ORF为1117个。与其他生物内VNTR的分布类似,在基因编码区中,以三碱基VNTR和六碱基VNTR占绝对优势,在阅读框架中的VNTR中分别占到58.0%和52.9%。编码区的三碱基、六碱基VNTR分别为该菌基因组中相应VNTR总数的约44.4%和38.6%。由于编码区的碱基数占基因组碱基数的59.3%,所以这两种长度的VNTR在编码区中的密度略低于基因组中的平均密度。在编码区上下游300bp调控区,除在编码区数量较多的三碱基VNTR和六碱基VNTR外,其他各种长度的VNTR的比例都超过了10%。可见300bp的上下游调控区域是单碱基、二碱基、四碱基、五碱基VNTR的

关键词： 构巢曲霉菌 基因组 数量可变重复序列 频率 分布

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