22个垂抗稻瘟病基因在云南的利用价值评价

李进斌; 李成云; 张庆; 陈艳; 雷才林; 凌忠专; 《云南大学学报(自然科学版) 》 2008 北大核心 CSCD

摘要：为了明确22个抗稻瘟菌基因在云南省的抗性水平及其利用价值,将采集、分离自云南省3个稻作区的282个稻瘟病菌单孢菌株,接种于以丽江新团黑谷为轮回亲本培育而成的含有22个垂直抗性基因的水稻单基因系上,根据各稻作区采集的菌株在水稻单基因系上的侵染率,分析出各垂直抗性基因在云南省各稻作区的利用价值:持有Pi9,Piz5,Pi1,Pita2,Piz,Pikh,Pizt7个垂直抗性基因的单基因系的侵染率分别为1.22%,2.40%,3.21%,4.82%,5.95%,7.23%,9.04%,可在籼稻区种植或作抗源使用;持有Pi9,Piz5,Pi1,Pita2,Piz,Pikh,Pizt,Pi12,Pita,Pib10个垂直抗性基因的单基因系的侵染率分别为0.93%,16.67%,10.19%,5.09%,15.74%,15.74%,12.04%,9.26%,19.29%,11.11%,可在粳稻区种植或作抗源使用;持有Pi9,Piz5,Pi1,Pita24个垂直抗性基因的单基因系的侵染率分别为8.60%,13.83%,10.93%,18.04%,可在籼粳交错区种植或作抗源使用.同时用联合致病性系数和联合抗病性系数分析了病菌和单基因系的群体互作以及抗瘟组合的利用价值,结果表明:品种两两搭配后的RAC值大于0.80的组合有:Pi9与Pita2,Pizt,Pi1,Piz,说明以上4种组合的抗病性最强,应用价值最大.

关键词： 稻瘟病菌 毒力频率 联合抗病性系数 联合致病性系数

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三个外源抗稻瘟病基因聚合与抗性研究

李进斌; 姚春馨; 许明辉; 李成云; 《西南农业学报 》 2007 CSCD

摘要：本研究利用属于7个生理小种的8个云南稻瘟病菌株对以南29和中花9号为受体,分别转入水稻外源基因几丁质-葡聚酶基因和溶菌酶基因的T7代和T10代亲本株系、6个杂交F1代及3个基因聚合后的35个花培株系进行接种分析。结果表明,F1代和3个外源基因聚合后花培的所有株系对所用的8个稻瘟病菌株都表现高抗,抗性明显提高,这是3个外源基因互为补充的结果,说明基因聚合可扩大抗谱,提高稻瘟病抗性。

关键词： 外源基因 基因聚合 稻瘟病 抗性

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稻瘟病菌含信号肽小蛋白的计算机分析

业艳芬; 李成云; 杨静; 王云月; 李进斌; 刘林; 苏源; 朱有勇; 《生物技术通报 》 2006 CSCD

摘要：结合计算机技术和生物信息学的方法,采用组合的信号肽分析软件SignalPv3.0、TargetPv1.1、Big-PIpredictor、TMHMMv2.0和SecretomeP对已公布的1486个稻瘟菌(magnaporthegrisea)小蛋白基因的N-端氨基酸序列进行信号肽分析,同时系统分析了信号肽的类型及结构。分析结果表明,在1486个稻瘟病菌小蛋白中,119个具有N-端信号肽的典型分泌蛋白。其中116个具有分泌型信号肽,1个具RR-motif型信号肽,2个具信号肽酶II型信号肽。在稻瘟病菌基因组中,分泌型小蛋白的序列是高度趋异的,仅出现少数氨基酸组成完全一致的信号肽,为进一步确认具有相同信号肽的分泌蛋白是否具有同源性,分别用BLAST2SEQUENCES对具有相同信号肽的分泌蛋白进行了序列对比。结果表明,具有相同信号肽的分泌蛋白同源性非常高。同时还采用Sublocv1.0对1486个小蛋白的亚细胞位置进行了预测,结果显示小蛋白的可能功能场所包括细胞质、细胞外、线立体和细胞核,功能场所位于细胞核的小蛋白是最多的。

关键词： 稻瘟病菌 小蛋白 信号肽 分泌

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灰盖鬼伞基因组中微卫星序列的组成

刘林; 李成云; 杨静; 业艳芬; 李进斌; 周晓罡; 王云月; 朱有勇; 《西南农业学报 》 2006 CSCD

摘要：本研究利用已公布的灰盖鬼伞基因组测序结果,对该真菌基因组中的微卫星(microsatellite)或简单重复序列(simplesequence repeats,SSRs)进行了系统分析。结果表明,在已公布的36.2 Mb的基因组序列中,共有7 859个SSR序列(长度大于15bp,匹配值大于80%)。SSR的碱基总数达143 kb,约占整个基因组碱基数的0.40%,平均4.61 kb中就有1个大于15 bp的SSR序列。其中数量最多的是3碱基SSR,数量达到3 033个,其次为6碱基重复序列(2 121个)、5碱基重复序列(1 820个),这3种SSR总数达6 974个,占SSR总数的84.9%,单碱基重复序列数量最少,仅有285个。与子囊菌中的稻瘟病菌和粗糙脉孢菌相比,灰盖鬼伞菌基因组中每百万碱基中的SSR数量和密度都较小。这些研究结果可为该担子菌基因组的特征描述、注释及分子标记的筛选提供基础信息。

关键词： 微卫星或简单重复序列 频率 分布 分子标记

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粗糙脉孢菌基因组分泌蛋白的初步分析

周晓罡; 李成云; 赵之伟; 苏源; 张绍松; 李进斌; 杨静; 刘林; 业艳芬; 《遗传 》 2006 北大核心 CSCD

摘要：利用信号肽预测软件SignalPv3.0和PSORT,跨膜螺旋结构预测软件TMHMMv2.0和THUMBUP,GPI锚定位点预测软件bigPIPredictor和亚细胞器中蛋白定位分布预测软件TargetPv1.01对粗糙脉孢菌全基因组数据库中已公布的10082个氨基酸序列进行预测分析。结果表明,在粗糙脉孢菌中有437个蛋白为分泌蛋白,编码这些蛋白最小的可读框(openreadingframe,ORF)为252bp,最大为6604bp,平均1433bp,分泌蛋白信号肽长度介于15～59个氨基酸之间。在437个分泌蛋白中,205个具有功能描述,主要包括各种酶类、细胞能量生成、运转以及自身修复、防卫等多种功能。这些蛋白所参与的生化过程可能发生在膜外的周质空间或是菌体外的场所,为该物种营养的摄取,以及对环境做出响应服务。

关键词： 粗糙脉孢菌 信号肽 分泌蛋白

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稻瘟菌基因组规模分泌蛋白的预测分析

苏源; 李成云; 赵之伟; 周晓罡; 李进斌; 杨静; 刘林; 业艳芬; 《云南农业大学学报 》 2006 CSCD

摘要：利用信号肽分析软件S ignalP v3.0,亚细胞器蛋白定位软件TargetP v1.01,GPI-锚定位点软件b ig-PIPred ictor和跨膜螺旋结构软件THMM-2.0这4个软件分析预测稻瘟菌12 595个蛋白序列中有1 134个分泌蛋白。编码这些蛋白的可读框(ORF)最小值为78 bp,最大值为7 849 bp,平均1 231 bp。引导它们的信号肽长度介于15~45个氨基酸之间,平均为21个氨基酸。435个分泌蛋白具有功能描述,主要是与代谢有关的酶类。分析了其中降解细胞壁组分和与致病相关的酶类,提示在稻瘟菌侵染水稻不同阶段产生的关键酶及基因的功能需进一步研究。

关键词： 稻瘟菌 基因组 信号肽 分泌蛋白

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非洲菊ESTs-SSR标记的频率和分布特点

王继华; 瞿素萍; 唐开学; 李成云; 陈海如; 《园艺学报 》 2006 北大核心 CSCD

关键词： 非洲菊 表达序列标签 微卫星序列 频率 分布

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构巢曲霉菌基因组中的数量可变重复序列的组成和分布

李成云; 李进斌; 周晓罡; 张绍松; 许明辉; 《遗传学报 》 2005 SCI 北大核心 CSCD

摘要：利用已经公布的构巢曲霉菌基因组测序结果,对该真菌已测序基因组(30.1Mb)中的数量可变重复(VNTR)序列进行了较为系统、全面地分析。结果表明,在已经公布的基因组序列中,共有4837个以1～6个核苷酸为基序的VNTR序列(长度大于15bp,匹配值大于80%),其碱基总数占整个基因组碱基数的0.31%,平均6.2kb碱基中分布有一个大于15bp的VNTR。其中数量最多的五碱基VNTR,数量达到1386个,其次为六碱基VNTR(1228个),三碱基VNTR(1199个),这3种VNTR总数达3813个,占VNTR总数的78.8%。数量最少的是二碱基VNTR,只有144个。在9541个开放阅读框架(ORF)中的VNTR总数为1683个,共分布于1356个ORF中。其中只有1个VNTR的ORF为1117个。与其他生物内VNTR的分布类似,在基因编码区中,以三碱基VNTR和六碱基VNTR占绝对优势,在阅读框架中的VNTR中分别占到58.0%和52.9%。编码区的三碱基、六碱基VNTR分别为该菌基因组中相应VNTR总数的约44.4%和38.6%。由于编码区的碱基数占基因组碱基数的59.3%,所以这两种长度的VNTR在编码区中的密度略低于基因组中的平均密度。在编码区上下游300bp调控区,除在编码区数量较多的三碱基VNTR和六碱基VNTR外,其他各种长度的VNTR的比例都超过了10%。可见300bp的上下游调控区域是单碱基、二碱基、四碱基、五碱基VNTR的

关键词： 构巢曲霉菌 基因组 数量可变重复序列 频率 分布

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禾谷镰刀菌和稻瘟病菌基因组中的微卫星序列比较

李成云; 李进斌; 刘林; 杨静; 周晓罡; 《植物保护学报 》 2005 北大核心 CSCD

摘要：利用禾谷镰刀菌 Fusarium graminearum 和稻瘟病菌 Magnaporthe grisea 基因组测序结果,对这两种植物病原真菌基因组中的微卫星(SSR)序列进行了系统地分析和比较。结果表明,在禾谷镰刀菌基因组中,共发现4679个 SSR 序列,总长度为96.2 kb,占基因组全长的0.27%。平均7.7kb 碱基中有一个大于15 bp 的 SSR 序列。在稻瘟病菌基因组中共发现16398个 SSR 系列,其总长度达到330 kb,约占整个基因全长的0.85%,平均2.36 kb 碱基中就分布有1个 SSR 序列。在禾谷镰刀菌基因组中,数量最多的是五碱基重复序列,其次是六碱基重复序列;稻瘟病菌基因组中数量最多的是单碱基重复序列,其次为三碱基重复序列和五碱基重复序列。两基因组中数量最少的都是二碱基重复序列。尽管这两种植物病原真菌都属子囊菌,基因组大小也十分接近,但无论是在SSR 的总体数量上,还是在各类 SSR 的分布上,两种植物病原真菌都存在十分显著的差别。

关键词： 禾谷镰刀菌 稻瘟病菌 基因组 微卫星序列 分布

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转基因植物种植地土壤微生物区系生态变化及其外源基因的分子检测

周晓罡; 张绍松; 李成云; 李进斌; 陈艳; 黄兴奇; 《西南农业学报 》 2005 CSCD

摘要：对转基因植物种植地土壤中微生物种群数量的影响及外源基因是否转移到土壤微生物中的可能性进行检测,是转基因植物生态安全评价的重要组成部分。本研究从云南省农业科学院大棚采集了转基因西红柿及对照土壤样品12份,采用平板稀释法对该土样中的微生物进行分离鉴定,结果表明种植转基因西红柿的土样中微生物的数量和种类有一定的变化。设计35s启动子、反义基因、卡那霉素抗性标记基因等特异引物对上述土样的总DNA,以及菌株DNA进行PCR扩增,均未检测到外源基因扩增产物。

关键词： 土壤微生物 种群数量 转基因植物 安全性评价 基因漂移

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